Data:Analyse des macrophages

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Préfixes

@prefix daapSch: <http://daap.eu/wiki/Schema:> .
@prefix daapp: <http://daap.eu/wiki/Data:Project#> .
@prefix daapo: <http://daap.eu/wiki/Data:Organization#> .
@prefix daap: <http://daap.eu/wiki/> .
@prefix project:<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Data:Analyse_des_macrophages#> .
@prefix sh: <http://www.w3.org/ns/shacl#> .
@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> .
@prefix geo: <http://www.w3.org/2003/01/geo/wgs84_pos#> .

#@prefix maintenance: <http://daap.eu/ontology/2015/maintenance#> .
#@prefix organisation: <http://daap.eu/ontology/2015/organisation#> .
#@prefix sp: <http://spinrdf.org/sp#> .
#@prefix spin: <http://spinrdf.org/spin#> .
#@prefix spl: <http://spinrdf.org/spl#> .
@prefix vcard: <http://www.w3.org/2006/vcard/ns#> .
@prefix wd: <http://www.wikidata.org/entity/> .
#@prefix world: <http://daap.eu/ontology/2015/world#> .
#@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .

Ontologie

Classes

SpectrumCampaign

Propriétés :

  • project..'spectrum'
  • project..'hasSlide'


SpectrumImageCampaign

Propriétés :

  • project..'hasSpectrumImage'
  • project..'hasSlide'


Spectrum

  • project..'hasMeasure'
  • project..'matrix'
  • project..'scriptPretreatmentMatlab'
  • project..'scriptSpectralMatrixGenerationMatlab'
  • project..'scriptAutomatic'


  sh:property [
      rdfs:label "daapp:scriptPretreatmentMatlab"^^xsd:string ;
      sh:maxCount 1 ;
      sh:minCount 1 ;
      sh:nodeKind sh:IRI ;
      sh:predicate daapp:scriptPretreatmentMatlab ;
      sh:class rdfs:Resource ;
    ] ;
  sh:property [
      rdfs:label "daapp:scriptSpectralMatrixGenerationMatlab"^^xsd:string ;
      sh:maxCount 1 ;
      sh:minCount 1 ;
      sh:nodeKind sh:IRI ;
      sh:predicate daapp:scriptSpectralMatrixGenerationMatlab ;
      sh:class rdfs:Resource ;
    ] ;
  sh:property [
      rdfs:label "daapp:scriptAutomatic"^^xsd:string ;
      sh:predicate daapp:scriptAutomatic ;
      sh:datatype xsd:boolean ;
      sh:maxCount 1 ;
      sh:minCount 1 ;
    ] 

Slide

Les lames sont de type slide.

Définition :

#RDFS
project:Slide
  a owl:Class ;
  rdfs:label "Slide"@en ;
  rdfs:label "Lame pour l'étude de macrophage"@fr ;
  rdfs:subClassOf owl:Thing.

Medium

Le medium représente les conditions opératoires de préparation de l'échantillon. todo: trouver les protocoles

#RDFS
project:Medium
  a owl:Class ;
  rdfs:label "Medium"@en ;
  rdfs:label "Medium"@fr ;
  rdfs:subClassOf owl:Thing.

Background

Définition :

#RDFS
project:Background
  a owl:Class ;
  rdfs:label "Background"@en ;
  rdfs:label "Background"@fr ;
  rdfs:subClassOf owl:Thing.


STD

STD est une sous_classe medium.

#RDFS
project:STD
  a owl:Class ;
  rdfs:label "Medium STD"@en ;
  rdfs:label "Medium STD"@fr ;
  rdfs:subClassOf project:Medium.

EPA

EPA est une sous_classe medium.

#RDFS
project:EPA
  a owl:Class ;
  rdfs:label "Medium EPA"@en ;
  rdfs:label "Medium EPA"@fr ;
  rdfs:subClassOf project:Medium.

LDL

LDL est une sous_classe medium.

#RDFS
project:LDL
  a owl:Class ;
  rdfs:label "Medium LDL"@en ;
  rdfs:label "Medium LDL"@fr ;
  rdfs:subClassOf project:Medium.

EDL

EDL est une sous_classe medium, elle contient un mélange d'EPA/LDL.

#RDFS
project:EDL
  a owl:Class ;
  rdfs:label "Medium EDL"@en ;
  rdfs:label "Medium EDL"@fr ;
  rdfs:comment "EDL est une sous_classe medium, elle contient un mélange d'EPA/LDL."@fr ;
  rdfs:subClassOf project:Medium.

J774

J774 (todo: identifiant/ base de données aux biologistes)

#RDFS
project:J774
  a owl:Class ;
  rdfs:label "J774 EDL"@en ;
  rdfs:label "J774 EDL"@fr ;
  rdfs:comment "Type de cellules J774"@fr ;
  rdfs:subClassOf project:Medium.

SlideInCampaign

Propriétés:

  • medium
  • celltype
  • hasPicture (Pour le fichier,une image visible considérée comme image repère sera prise sur chaque lame, le nom du milieu est suivi du numéro de la lame, la date d'acquisition est suivie du numéro de la lame et de l'extension image, exemple format: 20170206STD_L01.xxx)
  • hasCell
  • label (Pour l'étiquette, exemple format: STD_L01)
#RDFS
project:SlideInCampaign
  a owl:Class ;
  rdfs:label "Slide"@en ;
  rdfs:label "Lame pour l'étude de macrophage"@fr ;
  rdfs:subClassOf owl:Thing.

#SHACL - Target
project:SlideInCampaign 
  a sh:NodeShape ;
  sh:targetClass project:SlideInCampaign .    # Applies to all devices

Contrainte :

project:SlideInCampaign
        sh:property [
		sh:path    rdfs:label ;
		sh:pattern "^(STD|EPA|LDL|EDL)_L[0-9]{2}$" ;
	] ;
        sh:property [
		sh:path    project:hasPicture ;
		sh:pattern "^[0-9]{8}(STD|EPA|LDL|EDL)_L[0-9]{2}$" ;
	] 
.

J774InSlide

Propriétés:

  • hasPoint
  • hasPicture
  • label (La date sous le format année mois jour suivie par la nature du milieu_numéro de la lame_numéro de la cellule et de l'extension image, exemple format: 20170206STD_L01_cell01.xxx)
#RDFS
project:J774InSlide
  a owl:Class ;
  rdfs:label "Slide"@en ;
  rdfs:label "Lame pour l'étude de macrophage"@fr ;
  rdfs:subClassOf owl:Thing.

#SHACL - Target
project:J774InSlide 
  a sh:NodeShape ;
  sh:targetClass project:J774InSlide .    # Applies to all devices

Contrainte :

project:J774InSlide
        sh:property [
		sh:path    rdfs:label ;
		sh:pattern "^(STD|EPA|LDL|EDL)_L[0-9]{2}$" ;
	] ;
        sh:property [
		sh:path    project:hasPicture ;
		sh:pattern "^[0-9]{8}(STD|EPA|LDL|EDL)_L[0-9]{2}$" ;
	] 
.

MeasureInJ774

Propriétés:

  • hasMeasure
  • label (Exemples de nomenclature : dans le noyau : 20170206STD_L01_cell01_n1.l6s et .spc ou dans le cytoplasme: 20170206STD_L01_cell01_c1.l6s et .spc )
#RDFS
project:MeasureInJ774
  a owl:Class ;
  rdfs:label "MeasureInJ774"@en ;
  rdfs:label "Mesure dans une cellule J774"@fr ;
  rdfs:subClassOf owl:Thing.

MeasureInJ774Cytoplasm

MeasureInJ774Cytoplasm est une sous_classe de MeasureInJ774.

#RDFS
project:MeasureInJ774Cytoplasm
  a owl:Class ;
  rdfs:label "MeasureInJ774Cytoplasm"@en ;
  rdfs:label "MeasureInJ774Cytoplasm"@fr ;
  rdfs:subClassOf project:MeasureInJ774.

#SHACL - Target
project:MeasureInJ774Cytoplasm 
  a sh:NodeShape ;
  sh:targetClass project:MeasureInJ774Cytoplasm .    # Applies to all devices

Contraintes :

project:MeasureInJ774Cytoplasm
        sh:property [
		sh:path    project:hasSpectrum ;
		sh:pattern "^(STD|EPA|LDL|EDL)_L[0-9]{2}$" ;
	] ;
        sh:property [
		sh:path   rdfs:label ;
		sh:pattern "^[0-9]{8}(STD|EPA|LDL|EDL)_L[0-9]{2}$" ;
	] 
.

MeasureInJ774Core

MeasureInJ774Core est une sous_classe de MeasureInJ774.

#RDFS
project:MeasureInJ774Core
  a owl:Class ;
  rdfs:label "J774 EDL"@en ;
  rdfs:label "J774 EDL"@fr ;
  rdfs:comment "Type de cellules J774"@fr ;
  rdfs:subClassOf project:MeasureInJ774.

#SHACL - Target
project:MeasureInJ774Core 
  a sh:NodeShape ;
  sh:targetClass project:MeasureInJ774Core .    # Applies to all devices

Contraintes :

project:MeasureInJ774Core
        sh:property [
		sh:path    project:hasSpectrum ;
		sh:pattern "^(STD|EPA|LDL|EDL)_L[0-9]{2}$" ;
	] ;
        sh:property [
		sh:path   rdfs:label ;
		sh:pattern "^[0-9]{8}(STD|EPA|LDL|EDL)_L[0-9]{2}$" ;
	] 
.

Propriétés

hasPicture

project:hasPicture 
  rdf:type rdf:Property ;
  rdfs:subPropertyOf daapp:experimentalData  ;
  rdfs:label ""@fr ;
  rdfs:label ""@en ;
.

spectrum

project:spectrum
  rdf:type rdf:Property ;
  rdfs:label ""@fr ;
  rdfs:label ""@en ;
.


hasSpectrumImage

project:hasSpectrumImage
  rdf:type rdf:Property ;
  rdfs:label ""@fr ;
  rdfs:label ""@en ;
.

measure

project:measure
  rdf:type rdf:Property ;
  rdfs:subPropertyOf daapp:experimentalData  ;
  rdfs:label ""@fr ;
  rdfs:label ""@en ;
.

hasMeasure

project:hasMeasure
  rdf:type rdf:Property ;
  rdfs:subPropertyOf daapp:experimentalData  ;
  rdfs:label ""@fr ;
  rdfs:label ""@en ;
.

matrix

project:matrix
  rdf:type rdf:Property ;
  rdfs:subPropertyOf daapp:artefactData  ;
  rdfs:label ""@fr ;
  rdfs:label ""@en ;
.

scriptPretreatmentMatlab

project:scriptPretreatmentMatlab
  rdf:type rdf:Property ;
  rdfs:subPropertyOf daapp:ressourceData  ;
  rdfs:label ""@fr ;
  rdfs:label ""@en ;
.

scriptSpectralMatrixGenerationMatlab

project:scriptSpectralMatrixGenerationMatlab
  rdf:type rdf:Property ;
  rdfs:subPropertyOf daapp:ressourceData  ;
  rdfs:label ""@fr ;
  rdfs:label ""@en ;
.

scriptAutomatic

project:scriptAutomatic
  rdf:type rdf:Property ;
  rdfs:label ""@fr ;
  rdfs:label ""@en ;
.

Exemple de requêtes

Liste des campagnes

prefix project:<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Data:Analyse_des_macrophages#> 
prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
prefix campaign2: <http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_2_:_2017> 
prefix campaign1: <http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_1_:_2017> 
prefix rdf:<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>

prefix invivo: <http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/>
prefix daapp: <http://daap.eu/wiki/Data:Project#> 
prefix project:<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Data:Analyse_des_macrophages#> 
prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>

select *
where 
 { 

#selection de la méthode pour ce projet
invivo:Analyse_des_macrophages daapp:hasGeneralMethod ?method .

#selection des campagnes des méthodes
?method daapp:hasCampaign ?campaign .

}


method campaign
21:49:28 03/18/2019 -- Refresh -- Duration of query :0.017s -- CSV


???

prefix invivo: <http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/>
prefix daapp: <http://daap.eu/wiki/Data:Project#> 
prefix project:<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Data:Analyse_des_macrophages#> 
prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>

select ?spc
where 
 { 

#selection de la méthode pour ce projet
invivo:Analyse_des_macrophages daapp:hasGeneralMethod ?method .

#selection des campagnes des méthodes
?method daapp:hasCampaign ?campaign .

#selection des lames avec

?campaign project:hasSlide ?slide .
?slide project:hasCell ?cell .
?cell rdfs:label "20170206STD_L01_cell04" .

?cell  project:hasPosition ?noyau .
?noyau a  project:MeasureInJ774Core ;
       project:hasMeasure ?spc .
} 
ORDER by ?noyau


spc
21:49:28 03/18/2019 -- Refresh -- Duration of query :0.053s -- CSV


Trouver tous les spectres des cellules pour un milieu de culture M1 C1

campaign spc
21:49:29 03/18/2019 -- Refresh -- Duration of query :0.021s -- CSV


M1 C2

campaign spc
21:49:29 03/18/2019 -- Refresh -- Duration of query :0.019s -- CSV


M1 C3

campaign spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_mc2.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_mc5.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_mc6.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_mc1.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_mc3.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_mc4.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315EPA_lc1.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315EPA_lc3.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315EPA_lc5.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315EPA_lc6.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315EPA_lc2.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315EPA_lc4.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315EPA_pl1.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315EPA_pl4.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315EPA_pl6.spc
21:49:29 03/18/2019 -- Refresh -- Duration of query :0.021s -- CSV


M2 C1

campaign image
http://daap.eu/wiki/Analyse_des_macrophages_Méthode_2_Campagne_1_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_02/Campagne_01/20170613EDL_mc1.fsm
http://daap.eu/wiki/Analyse_des_macrophages_Méthode_2_Campagne_1_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_02/Campagne_01/20170613STD_mc1.fsm
http://daap.eu/wiki/Analyse_des_macrophages_Méthode_2_Campagne_1_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_02/Campagne_01/20170613EPA_mc1.fsm
http://daap.eu/wiki/Analyse_des_macrophages_Méthode_2_Campagne_1_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_02/Campagne_01/20170613LDL_mc1.fsm
http://daap.eu/wiki/Analyse_des_macrophages_Méthode_2_Campagne_2_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_02/Campagne_02/20170418STD_L01.fsm
http://daap.eu/wiki/Analyse_des_macrophages_Méthode_2_Campagne_2_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_02/Campagne_02/20170419STD_L02.fsm
http://daap.eu/wiki/Analyse_des_macrophages_Méthode_2_Campagne_2_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_02/Campagne_02/20170418STD_L03.fsm
http://daap.eu/wiki/Analyse_des_macrophages_Méthode_2_Campagne_2_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_02/Campagne_02/20170420EPA_L01.fsm
http://daap.eu/wiki/Analyse_des_macrophages_Méthode_2_Campagne_2_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_02/Campagne_02/20170419EPA_L03.fsm
http://daap.eu/wiki/Analyse_des_macrophages_Méthode_2_Campagne_2_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_02/Campagne_02/20170422LDL_L03.fsm
http://daap.eu/wiki/Analyse_des_macrophages_Méthode_2_Campagne_2_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_02/Campagne_02/20170421EDL_L02.fsm
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_mc.jpg
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315EPA_lc.jpg
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315EPA_pl.jpg
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315EPA_ps.jpg
21:49:29 03/18/2019 -- Refresh -- Duration of query :0.02s -- CSV


M2 C2

picture
21:49:29 03/18/2019 -- Refresh -- Duration of query :0.018s -- CSV


Trouver tous les spectres des lames pour un milieu de culture

campaign spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_mc2.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_mc5.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_mc6.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_mc1.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_mc3.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_mc4.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_lc2.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_lc5.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_lc1.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_lc3.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_lc4.spc
http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Macrophages_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles/Méthode_1/Campagne_3_:_2017 file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_03/20170315STD_lc6.spc
21:49:29 03/18/2019 -- Refresh -- Duration of query :0.02s -- CSV


Trouver tous les spectres de d'une cellule de la lame 1

select *
where {

}

Trouver tous les spectres de de la cellule numéro x pour la lame y

select *
where {

}

Donner les photos des lames

select *
where {

}

Donner les photos des cellules dans tel milieu

select *
where {

}

Lister les spectres d'un milieu de culture donné

select *
where {

}


Extrais moi les spectres

select *
where {

}

Tests

Requête pour supprimer les données :

@prefix daapSch: <http://daap.eu/wiki/Schema:> .
@prefix daapp: <http://daap.eu/wiki/Data:Project#> .
@prefix daapo: <http://daap.eu/wiki/Data:Organization#> .
@prefix daap: <http://daap.eu/wiki/> .
@prefix invivo: <http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/> .
@prefix project:<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Data:Analyse_des_macrophages#> .
@prefix sh: <http://www.w3.org/ns/shacl#> .
@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> .
@prefix geo: <http://www.w3.org/2003/01/geo/wgs84_pos#> .

@prefix vcard: <http://www.w3.org/2006/vcard/ns#> .
@prefix method:	<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_m%C3%A9thode_> .
@prefix campaign1: <http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_1_:_2017> .
@prefix slide:	<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_1_:_2017/> .

#@prefix maintenance: <http://daap.eu/ontology/2015/maintenance#> .
#@prefix organisation: <http://daap.eu/ontology/2015/organisation#> .
#@prefix sp: <http://spinrdf.org/sp#> .
#@prefix spin: <http://spinrdf.org/spin#> .
#@prefix spl: <http://spinrdf.org/spl#> .

@prefix wd: <http://www.wikidata.org/entity/> .
#@prefix world: <http://daap.eu/ontology/2015/world#> .
#@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .


#project
@prefix rdf:	<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix daapp:	<http://daap.eu/wiki/Data:Project#> .
@prefix rdfs:	<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .

Projet

Instance d'un projet (version non abrégée) :

invivo:Analyse_des_macrophages	rdf:type	daapp:Project .
invivo:Analyse_des_macrophages	rdfs:label	"Analyse des macrophages de souris \"les J774\" par spectroscopies vibrationnelles Raman et Infrarouge"@fr .
invivo:Analyse_des_macrophages	rdfs:label      "Analysis of mouse macrophages \"J774\" by Raman and Infrared vibrational spectroscopies" .
invivo:Analyse_des_macrophages	rdfs:label      "Analysis of mouse macrophages \"J774\" by Raman and Infrared vibrational spectroscopies"@en .
invivo:Analyse_des_macrophages	vcard:organization-unit	<http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2> .
invivo:Analyse_des_macrophages	daapp:hasGeneralMethod	<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_m%C3%A9thode_1> .

Instance d'un projet (version abrégée) :

invivo:Analyse_des_macrophages
	rdf:type	daapp:Project ;
	rdfs:label	"Analyse des macrophages de souris \"les J774\" par spectroscopies vibrationnelles Raman et Infrarouge"@fr ,
       "Analysis of mouse macrophages \"J774\" by Raman and Infrared vibrational spectroscopies" ,
 "Analysis of mouse macrophages \"J774\" by Raman and Infrared vibrational spectroscopies"@en ;
	vcard2006:organization-unit	<http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2> ;
	daapp:hasGeneralMethod	<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_m%C3%A9thode_1> .

Exemple de requête :

prefix daapp: <http://daap.eu/wiki/Data:Project#>
prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
prefix vcard: <http://www.w3.org/2006/vcard/ns#>

select ?labelunit ?labelProject  ?project   
where 
 { 
       ?project         a                         daapp:Project ;
                        rdfs:label	             ?labelProject   ;
                        vcard:organization-unit   ?organization .

  SERVICE <https://opendata1.opendata.u-psud.fr/sparql>{
       ?organization    rdfs:label	             ?labelunit        .  
  }

 FILTER ( 
lang(?labelProject) = "en" && lang(?labelunit) = "en"
 )
}
labelunit labelProject project
Lip(Sys)² Analysis of mouse macrophages "J774" by Raman and Infrared vibrational spectroscopies http://daap.eu/wiki/Analyse_des_macrophages
Lip(Sys)² Analysis of mouse macrophages J774 by Raman and Infrared vibrational spectroscopies http://daap.eu/wiki/Lip(Sys)2/Analyse_des_macrophages_de_souris_les_J774_par_spectroscopies_vibrationnelles_Raman_et_Infrarouge
21:49:30 03/18/2019 -- Refresh -- Duration of query :0.412s -- CSV


Method

method:1    rdf:type	daapp:GeneralMethod .

method:1    rdfs:label	"Analysis of macrophages method 1" ,
		"Analyse des macrophages m\u00E9thode 1"@fr ,
		"Analysis of macrophages method 1"@en .
method:1    	daapp:hasCampaign       campaign1: .


prefix daapp: <http://daap.eu/wiki/Data:Project#>
prefix invivo: <http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/>

select *
where 
 { 
      invivo:Analyse_des_macrophages     daapp:hasGeneralMethod	     ?method.
      ?method daapp:hasCampaign  ?campaign .
         }
method campaign
21:49:30 03/18/2019 -- Refresh -- Duration of query :0.016s -- CSV


Campagne

campaign1:  rdf:type	project:SpectrumCampaign ,
		project:SpectrumImageCampaign .

campaign1:   rdf:type	 daapp:Campaign .

campaign1:   rdfs:label	  "Macrophage analysis Campaign 1: 2017" ,
		"Analyse des macrophages Campagne 1 : 2017"@fr ,
		"Macrophage analysis Campaign 1: 2017"@en .

campaign1:	project:hasSpectrumImage	slide:SpectrumImage1 ;
	project:hasSlide	<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_1_:_2017/20170201STD_L01> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_1_:_2017/20170201EPA_L02> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_1_:_2017/20170201EDL_L02> .

campaign1:     daapp:filesDestination	<file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/> .


campaign1:         daapp:dateBegin	"2017-12-20"^^xsd:date ;
	 daapp:dateEnd	"2017-12-30"^^xsd:date ;
	project:spectrum	slide:Spectrum1 .
{{#sparql:
prefix daapp: <http://daap.eu/wiki/Data:Project#>
prefix invivo: <http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/>

select ?filedestination
where 
 { 
      invivo:Analyse_des_macrophages     daapp:hasGeneralMethod	     ?method.
      ?method daapp:hasCampaign  ?campaign .
     ?campaign daapp:filesDestination	?filedestination.
} 
}}


filedestination
21:49:31 03/18/2019 -- Refresh -- Duration of query :0.016s -- CSV


Slide

--slide
#DESCRIBE <http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_1_:_2017/20170201STD_L01>

<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_1_:_2017/20170201STD_L01>	rdf:type	project:SlideInCampaign .
<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_1_:_2017/20170201STD_L01>	rdfs:label	"STD_L01" ;
	project:hasPicture	<file://192.168.1.13/backup/DEV1-PC/test/20170201STD_vis_L01.JPEG> ;
	project:celltype	project:J774 ;
	project:medium	project:STD .
<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_1_:_2017/20170201STD_L01>	project:hasCell	         slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell01 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell02 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell05 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell06 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell03 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell04 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell09 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell10 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell07 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell08 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell13 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell14 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell11 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell12 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell15 .
prefix project:<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Data:Analyse_des_macrophages#> 

select *
where 
 { 
       <http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_1_:_2017>   project:hasSlide   ?lame .
   ?lame project:hasPicture   ?image.
   
}
lame image
21:49:31 03/18/2019 -- Refresh -- Duration of query :0.016s -- CSV


Cell

#DESCRIBE <http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_1_:_2017/SlideInCampaignSTD_L01_cell01> 
slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell01	rdf:type	project:J774InSlide .
slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell01	rdfs:label	"STD_L00_cell01" ;
	project:hasPicture	<file://192.168.1.13/backup/DEV1-PC/test/20170602STD_vis_STD_L00_cell01.JPEG> ;
	project:hasPosition	slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell01_n3 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell01_c3 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell01_c1 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell01_n1 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell01_n2 ,
		slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell01_c2 .

Position

Noyau

#position
DESCRIBE <http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_1_:_2017/SlideInCampaignSTD_L01_cell01_n1>

slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell01_n1	rdf:type	project:MeasureInJ774Core .
slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell01_n1	rdfs:label	"STD_L00_cell01_n1" ;
	project:hasMeasure	<file://192.168.1.13/backup/DEV1-PC/test/20170602STD_L00_cell01_n1.SPC> .

Cytoplasme

#position
DESCRIBE <http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Campagne_1_:_2017/SlideInCampaignSTD_L01_cell01_c1>

slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell01_c1	rdf:type	project:MeasureInJ774Cytoplasm.
slide:SlideInCampaignSTD_L01_cell01_c1	rdfs:label	"STD_L00_cell01_c1" ;
	project:hasMeasure	<file://192.168.1.13/backup/DEV1-PC/test/20170602STD_L00_cell01_c1.SPC> .

spectrum

campaign1: project:spectrum	slide:Spectrum1 .
@prefix rdf:	<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
slide:Spectrum1	rdf:type	project:Spectrum ;
	project:scriptPretreatmentMatlab	<file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_01/pretreatment.m> ;
	project:scriptSpectralMatrixGenerationMatlab	<file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_01/matrix.m> ;
	project:scriptAutomatic	true ;
	project:matrix	<file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_01/pretreatment_matrix.m> ;
	project:hasMeasure	<file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_01/TODO1.spc> ,
		<file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/Campagne_01/TODO2.spc> .


STRUCTURES

#http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Méthode_1_Campagne_1_:_2017

@prefix ns0:	<http://daap.eu/wiki/Data:Project#> .
@prefix ns1:	<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/> .
@prefix ns2:	<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_1_:> .
ns1:Analyse_des_macrophages_méthode_1	ns0:hasCampaign	ns2:_2017 .
@prefix rdf:	<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
ns2:_2017	rdf:type	ns0:Campaign .
@prefix rdfs:	<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
ns2:_2017	rdfs:label	"Macrophage analysis Method 1 Campaign 1: 2017"@en ,
		"Macrophage analysis Method 1 Campaign 1: 2017" ,
		"Analyse des macrophages M\u00E9thode 1 Campagne 1 : 2017"@fr .
@prefix ns5:	<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Data:Analyse_des_macrophages#> .
ns2:_2017	ns5:hasSlide	<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_1_:_2017/20170412LDL_L02> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_1_:_2017/20170410LDL_L01> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_1_:_2017/20170413EPA_L03> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_1_:_2017/20170412EPA_L02> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_1_:_2017/20170411EPA_L01> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_1_:_2017/20170413STD_L03> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_1_:_2017/20170411STD_L02> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_1_:_2017/20170411STD_L01> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_1_:_2017/20170413EDL_L03> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_1_:_2017/20170412EDL_L02> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_1_:_2017/20170410EDL_L01> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_1_:_2017/20170413LDL_L03> .
@prefix ns6:	<file://filer.ups.u-psud.fr/archivagesciences$/Chimie%20Analytique/projets/Macrophages_imagerie/Methode_01/> .
ns2:_2017	ns0:filesDestination	ns6:Campagne_01 .
@prefix xsd:	<http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
ns2:_2017	ns0:dateBegin	"2017-04-10"^^xsd:date ;
	ns0:dateEnd	"2017-04-30"^^xsd:date .

#http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_Méthode_1_Campagne_2_:_2017
@prefix ns0:	<http://daap.eu/wiki/Data:Project#> .
@prefix ns1:	<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/> .
@prefix ns2:	<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_2_:> .
ns1:Analyse_des_macrophages_méthode_1	ns0:hasCampaign	ns2:_2017 .
@prefix rdf:	<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
ns2:_2017	rdf:type	ns0:Campaign .
@prefix ns4:	<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Data:Analyse_des_macrophages#> .
ns2:_2017	rdf:type	ns4:SpectrumCampaign .
@prefix rdfs:	<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
ns2:_2017	rdfs:label	"Macrophage analysis Method 1 Campaign 2 : 2017"@en ,
		"Macrophage analysis Method 1 Campaign 2 : 2017" ,
		"Analyse des macrophages M\u00E9thode 1 Campagne 2 : 2017"@fr ;
	ns4:hasSlide	<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_2_:_2017/20170412EPA_L02> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_2_:_2017/20170411STD_L01> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_2_:_2017/20170413LDL_L03> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_2_:_2017/20170411EPA_L01> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_2_:_2017/20170413EDL_L03> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_2_:_2017/20170412LDL_L02> ,
		<http://invivo.lipsys2.u-psud.fr/wiki/Analyse_des_macrophages_M\u00E9thode_1_Campagne_2_:_2017/20170413STD_L03> ,
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